Polskie Towarzystwo Alergologiczne posiada aktualnie 13 Oddziałów Regionalnych grupujących ponad 1000 członków. Oddziały Regionalne koordynują działalność członków PTA na terenie odpowiadającym w przybliżeniu granicom województw. Podstawowym zadaniem Oddziałów Regionalnych jest organizowanie spotkań i szkoleń dla swoich członków oraz rozwijanie inicjatyw alergologicznych na terenie swojego działania.